Há algum tempo, eu estava com problemas quanto ao posicionamento de janelas no JabRef. Mais especificamente, com a janela maximizada, ao acionar a ação para criar uma nova entrada, a janela com as novas entradas era colocada em outra tela, a janela original do JabRef era desmaximizada e, ao fechar a caixa de diálogo da escolha de entrada, a janela original não voltava ao normal (maximizada).

Inicialmente, eu pensava que a culpa era do código do JabRef que guardava as preferências de tamanho e estado (maximizado ou não) da janela. No entanto, mesmo após alterar esse código, o problema persistia.