O Okular é uma aplicação que permite visualizar diversos tipos de documento e, no caso de PDF, possui algumas habilidades de inserção de comentários.

1. Habilite as anotações (tecla F6).
2. Destaque (highlight) o texto a ser oculto com um marcador preto.
3. Imprima o documento para um arquivo PDF, selecionado a opção PDF para forçar a rasterização (Force rasterization).

Uma opção simples é a aplicação Web https://pdf.online/redact-pdf.

• https://askubuntu.com/questions/72920/is-there-a-better-way-to-redact-a-pdf